No Sitio arqueológico da Furna do Estrago, em Brejo da Madre de Deus foi descoberta uma importante necrópole pré-histórica, com 125 metros quadrados de área coberta, de onde foram resgatados 83 esqueletos humanos em bom estado de conservação além de várias pinturas rupestres; estes vestígios ajudaram a desenvolver pesquisas sobre rituais fúnebres, a alimentação, a cultura e a religiosidade de grupos de caçadores e coletores que viveram na região a aproximadamente 10 mil anos.
Os indivíduos encontrados na Furna do Estrago possuíam uma cultura adaptada à caatinga. O clima da região ajudou a conservar esqueletos de crianças e adultos e pedaços de cérebro. Dentre os 83 esqueletos destaca-se o de um homem de aproximadamente 45 anos que foi enterrado com uma flauta feita de tíbia humana entre os braços. Não se sabe para que o instrumento era usado. Uma das teorias é de que o indivíduo poderia ser uma espécie de vigia, que avisava a população por meio do som. Também foram encontrados apitos no cemitério.
A análise dos restos mortais comprova que esses povos eram bem alimentados, praticavam a antropofagia, fabricavam a tecelagem a partir das fibras de palmeiras da região e possuíam uma divisão social relativamente acentuada. Este sítio foi escavado durante duas campanhas de campo, a primeira em 1983 e a segunda em 1987, sob a responsabilidade da arqueóloga Jeannette Maria Dias de Lima da Universidade Católica de Pernambuco.
Origens e povoamento
O território pertencia à sesmaria de 21 léguas, concedida a Manuel da Fonseca Rego pelo governador da capitania de Pernambuco, o Marquês de Montebelo.
O povoamento do Brejo da Madre de Deus tem suas origens em 1710 quando o português André Cordeiro dos Santos estabeleceu-se na localidade que chamou de tabocas construindo ali um engenho de açúcar. O mesmo nome foi dado a um rio que passava nas extremidades, o Rio Tabocas.
O nome Brejo provém de sua situação em um vale formado pelas serras da Prata, do Estrago e do Amaro; e Madre de Deus é devido aos evangelizadores oratorianos, da confraria da Madre de Deus do Recife, mais conhecidos como da Congregação de São Filipe Néri que adentraram-se pelo interior da capitania, seguindo o curso do Rio Capibaribe e estabeleceram-se num local que hoje fica a quinze quilômetros da sede municipal. Ali, iniciaram a construção de um hospício mas, como naquele ano houve uma grande seca, resolveram mudar-se do lugar e foram para o Sítio Brejo de São José, também conhecido como Brejo de Fora, edificando então, em 1752, uma capela dedicada a São José. O povoamento da área está relacionado com a criação de gado nos meados do século XVIII, com a rota de passagem que ligava Olinda a Cabrobó através dos rios Capibaribe, Pajeú e o São Francisco e, posteriormente com a cultura do algodão a partir da década de 1780.
A partir da capela, a povoação que já parecia existir antes dela, passou a se denominar Brejo da Madre de Deus, evoluindo até tornar-se a sede municipal. Em 1760, a Congregação de São Filipe Néri doou meia légua de terras para o patrimônio da capela, área essa que corresponde ao atual perímetro urbano. A elevação à categoria de freguesia ocorreu em 1797 sendo o primeiro vigário, o padre Antônio da Costa Pinheiro. Em 3 de Agosto de 1799 foi constituído como distrito.